Kardeş Rekabetinin Doruk Noktası
Şehzade Mustafa'nın 1553'teki idamından sonra Hürrem Sultan'ın oğulları Selim ve Bayezid arasındaki veliahtlık rekabeti giderek keskinleşti. Kanuni, iki oğluna farklı sancaklar vererek aralarındaki dengeyi korumaya çalıştıysa da iki şehzadenin karşıt kişilikleri ve destekçi grupları gerilimi kaçınılmaz kıldı. Hürrem Sultan'ın 1558'deki ölümü bu süreci daha da sertleştirdi.
Konya Muharebesi
1559'da Bayezid, Selim'e karşı silahlı isyan başlattı. Konya yakınlarında yapılan muharebede Selim'in kuvvetleri üstün geldi; Bayezid ağır bir yenilgiye uğradı. Yanına aldığı çocukları ve bir grup askerle İran'a kaçan Bayezid, Safevi Şahı Tahmasp'ın yanına sığındı.
İran'da İdam
Kanuni'nin Safevi Şahı'na yoğun diplomatik baskı uygulaması ve büyük bir fidye teklif etmesi üzerine Tahmasp, 1561'de Bayezid'i Osmanlı cellâtlarına teslim etti. Bayezid ve dört oğlu İran topraklarında idam edildi. Bu olay, Osmanlı-Safevi ilişkilerinin ne denli pragmatik ve çıkar odaklı bir zemine oturduğunu göstermektedir.