Makedonya, etnik açıdan son derece çeşitli bir yapıya sahip olup Bulgar, Sırp, Yunan ve yerel Makedon Slav nüfusunu barındırıyordu. 1878 sonrasında bu toplulukların her biri kendi ulusal hareketini güçlendirdi; komiteciler silah zoruyla bölgenin kontrolünü ele geçirmeye çalıştı.
1893'te kurulan İMRO (İç Makedonya Devrimci Örgütü), Osmanlı kontrolünden bağımsızlık ya da özerklik talebini öne çıkardı. 1903 İlinden Ayaklanması, Osmanlı'nın bastırma operasyonuna sahne oldu; bu gelişme Avrupa müdahalesini beraberinde getirdi.
1903'te Mürzsteg Reformları çerçevesinde Avusturya ve Rusya, Makedonyalı jandarmanın reorganizasyonunu denetleyecek subaylar görevlendirdi. II. Abdülhamid bu süreci Osmanlı egemenliğine yönelik bir saldırı olarak algıladı; fakat Büyük Güçlerin baskısına karşı koyacak gücü yoktu. Makedonya meselesi çözümsüz kalmaya devam etti ve nihayetinde 1912-13 Balkan Savaşları sırasında bölge Osmanlı'nın elinden çıktı.